Presentación

Los últimos años nos han mostrado que el desciframiento del genoma no lo fue todo, estimándose en solo unos 20-24.000 genes, pero con unas impresionantes interacciones con otras partes del genoma (ARNs no codificantes, miARNs), consigo mismo (metilación, cambios dinámicos) y con el ambiente (intra y extracelular, intra y extra-organismo). Ésta es la nueva ciencia de la genómica, que ya no se puede desligar de la genética.

La plataforma de genética-genómica del Instituto Biobizkaia surge así para dar servicio no sólo a todas las aplicaciones ya existentes de la genética (chequeo de genes, búsqueda de mutaciones en pacientes, comprobación de nuevos hallazgos, etc.), sino también -y de forma importante por pertenecer a un Instituto de Investigación-, pretende dar apoyo a la innovadora Investigación en genómica y sus ciencias derivadas: epigenética, farmacogenética y todas sus correspondientes aplicaciones.

Servicios

Servicios ofrecidos

• Extracción y purificación de ácidos nucleicos. Cuantificación y preparación de los mismos para posteriores estudios.
• Amplificación mediante PCR de cualquier amplicón solicitado.
• Búsqueda y determinación de mutaciones puntuales
  • Secuenciación Sanger de cualquier fragmento de DNA (Analizadores genéticos ABI3130 y ABI3130xl [Life Technologies]). Cert. 2017 - Cert. 2016 - Cert. 2015 ​
  • Mediante Next Generation Sequencing. Diseño de paneles para la captación de amplicones y su posterior secuenciación (Ion Torrent PGM-Life Tecnologies). Cert. 2017 - Cert. 2016 ​
• Búsqueda y determinación de variaciones en el número de copias de un genoma.
  • Mediante Arrays de CGH (SureScan Microarrays Scanner) Cert. 2017 - Cert. 2016 - Cert. 2015 ​
  • FISH -Hibridación In Situ Fluorescente-.
  • PCR cuantitativa de DNA - Q-PCR-.
• Estudios de expresión génica mediante
  • Microarrays de Expresión (SureScan Microarrays Scanner).
  • qRT-PCR. (7300 y 7900HT PCR Real Time System-Applied Biosystems-).
• Co-localización de ácidos nucleicos y proteínas. Mediante la técnica FICTIO (FISH mas inmunohistoquímica)

Cáncer Hereditario

• Neoplasia endocrina múltiple tipo 1
• Neoplasia endocrina múltiple tipo 2
• Carcinoma medular de tiroides. Cert. 2017 - Cert. 2016 - Cert. 2015 ​
• Feocromocitoma / Paraganglioma RET
• Adenoma hipofisario
• Tumor de Wilms

Enfermedades de Impronta

• Disomía uniparental 6
• Metilación 6q
• Duplicación 6q
• Disomía uniparental 20
• Metilación 20q13

Endocrinología

• Diabetes monogénica e insulinorresistencia. Cert. 2017 - Cert. 2016 - Cert. 2015 ​
• Diabetes insípida central y nefrogénica
• Diabetes mitocondrial
• Disgenesia gonadal e Hipogonadismos
• Pseudohermafroditismo
• Otros trastornos de la diferenciación sexual
• Hipoplasia adrenal congénita
• Panhipopituitarismo
• Corea benigna familiar
• Resistencia a hormonas tiroideas
• Síndrome de Allan-Herndon-Dudley
• Hipotiroidismo
• Pseudohipoparatiroidismo
• Displasia septo-óptica
• Hipocalcemia hipercalciúrica
• Síndrome poliglandular autoinmune tipo I
• Síndrome de resistencia a glucocorticoides

Otros

• Hiperferritinemia+cataratas
• Sindrome Bartter tipo III
• Síndrome Braquio-Oto-Renal

Infraestructuras

En la actualidad, el servicio posee la siguiente infraestructura:

Obtención de ácidos nucleicos

Maxwell® CSC Instrument

El Maxwell® CSC es una plataforma compacta para la purificación automatizada de ácidos nucleicos capaz de procesar hasta 16 muestras de forma simultánea. Utilizando cartuchos precargados y métodos preprogramados, el Maxwell® RSC ofrece una extracción de ADN o ARN consistente y fiable en 25-60 minutos, dependiendo del tipo de muestra. Su intuitiva interfaz gráfica hace que el instrumento sea fácil de usar, a la vez que el Quantus™ Fluorometer integrado permite recopilar los datos de la purificación y la cuantificación en un solo documento. Más información.

Aplicaciones:

• Obtención de ácidos nucleicos puros de forma consistente a partir de cualquier tipo de muestra.

Cuantificación de ácidos nucleicos

Espectrofotómetro NanoDrop™ 2000

El NanoDrop™ 2000 permite medir microvolúmenes tan pequeños como 0.5µL, permitiendo pipetear una muestra directamente sobre la superficie de medición óptica. Proporciona medida de la absorbancia de la muestra. Más información.

Qubit 2.0

Cuantificación fluorimétrica de muestras de ácido desoxirribonucleico de doble hélice (dsADN) y ácido ribonucleico, en solución acuosa. Más información.

Aplicaciones:

• Cuantificación de ácidos nucleicos y proteínas.

Control calidad moléculas

2100 Bioanalyzer Instrument

El Bioanalyzer es un sistema automatizado de electroforesis que permite la evaluación analítica de diversos tipos de biomoléculas, gracias al uso de chips específicos y el software de análisis 2100 Expert Software. Permite la evaluación objetiva de tamaño, cantidad, integridad y pureza de muestras de ADN, ARN o proteínas, a partir de cantidades mínimas.Más información

Aplicaciones:

• Next Generation Sequencing (NGS).
• Expresión génica.
• Biofarmacéutica.
• Edición génica.

Sistemas de pipeteo automatizado

Robot de pipeteo Integra ASSIST PLUS

El robot ASSIST PLUS permite coordinar las tareas de pipeteo en el laboratorio. Mediante el uso de diversas pipetas electrónicas, el equipo automatiza las tareas de pipeteo, elimina el esfuerzo físico y el posible error de pipeteo, aumentando así la reproducibilidad del mismo.Más información

Aplicaciones:

• Transferencias de tubos a placa (96/384) y viceversa.
• Diluciones seriadas.
• Dispensaciones múltiples.
• Protocolos personalizables con alta reproducibilidad, repetitividad y trazabilidad.

Estación de trabajo robotizada Microlab STAR

Con más de 15 años en el mercado, siendo una referencia en el sector, Microlab STAR de Hamilton es una plataforma robótica de pipeteo disponible en diferentes capacidades de trabajo para la automatización de todo tipo de ensayos y preparación de muestras. Permite la personalización de diversos flujos de trabajo a través de módulos operativos compatibles, y la programación intuitiva a través del software VENUS.Más información

Aplicaciones:

• Preparación de librerías (RNAseq, genoma completo).
• Genómica, proteómica, etc..
• Diagnóstico.
• Transferencia de muestras.
• Replicados.

Análisis de microarrays

SureScan Microarray Scanner

Escáner de microarrays, asociado a herramientas informáticas CytoGenomics (AgilentTechnologies), Genoglyphix® (Perkin Elmer), etc. Permite el uso de una amplia gama de arrays comerciales y o personalizados, con formatos flexibles, que van desde desde 1 array por cristal de 1Mb a 8 arrays por cristal de 60Kb, pudiéndose detectar cambios de hasta 100-150Kb.Más información

GeneChip™ System 3000Dx

La plataforma GeneChip 3000Dx está compuesta por un horno de hibridación, un sistema de fluídica y un scanner de arrays y permite analizar muestras tanto de ADN como de ARN en estudios de genotipado y expresión. Cabe destacar que, utilizada junto al software Affymetrix Molecular Diagnostics Software, permite el análisis de diversos arrays para diagnóstico clínico cumpliendo el reglamento IVDR.Más información

GeneTitan™ MC Fast Scan Instrument

El GeneTitan es un instrumento de alto rendimiento compuesto por un horno de hibridación, un sistema de microfluídica y otro de imagen integrados, que permite procesar de una sola vez 16, 24 o 96 arrays. Dado que la intervención del usuario es mínima, permite obtener resultados altamente reproducibles.Más información

Aplicaciones:

• Análisis de expresión y micro ARNs
• Estudios de genotipado y detección de CNVs SNParrays
• Farmacogenómica
• Enfermedades poligénicas (Risk score)
• Ensayos customizados

Secuenciación SANGER

Analizador Genético ABI3500

El Analizador Genético ABI3500 emplea la tecnología de electroforesis capilar en carreras simultáneas de 8 capilares, con capacidad de detección de 6 fluoróforos, para la realización de secuenciaciones Sanger y análisis de fragmentos marcados fluorescentemente. Con un rendimiento en 24 horas de lecturas de hasta 368 muestras (220000pb) en Sanger, y genotipado de 280 fragmentos de hasta 600pb, sus rangos óptimos llegan hasta las 850pb.Más información

Analizador Genético SeqStudio

El Analizador Genético SeqStudio emplea la tecnología de electroforesis capilar en carreras simultáneas de 4 capilares, con capacidad de detección de 6 fluoróforos, para la realización de secuenciaciones Sanger y análisis de fragmentos marcados fluorescentemente. Con un rendimiento en 24 horas de lecturas de hasta 192 muestras (67000pb) en Sanger, y genotipado de 128 fragmentos de hasta 460pb, sus rangos óptimos llegan hasta las 800pb.Más información

Aplicaciones:

• Secuenciación Sanger: resecuenciación, confirmación NGS, indels, detección de heterozigotos, detección de variantes menores, identificación microbiana, validación de edición génica, etc.
• Análisis de Fragmentos: análisis de microsatélites, MLPA, aplicaciones de SNaPshot, comprobación de líneas celulares, etc.

Sistemas análisis de genotipado y expresión génica

QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System Multi-Well Plates and Array Card Experiments

El QuantStudio 12K Flex de Applied Biosystems es una plataforma de PCR en tiempo real que puede analizar simultáneamente hasta cuatro placas QuantStudio 12K Flex OpenArray de 3072 reacciones en aproximadamente cuatro horas. Cuando se combina con el sistema AccuFill QuantStudio 12K Flex OpenArray, el sistema QuantStudio 12K Flex puede producir hasta 110000 puntos de datos o más en un día (8 horas) con tan solo 20 minutos de manipulación por ejecución. Tiene una interfaz de pantalla táctil con numerosas funciones y herramientas de análisis de software.Más información

El sistema QuantStudio 12K Flex tiene cinco formatos de bloque intercambiables:

• Sistema QuantStudio 12K Flex, placa OpenArray .
• Sistema QuantStudio 12K Flex, tarjeta de matriz TaqMan .
• Sistema QuantStudio 12K Flex, 384 pocillos .
• Sistema QuantStudio 12K Flex, 96 pocillos (0,1 ml) .
• Sistema QuantStudio 12K Flex, 96 pocillos (0,2 ml) NO DISPONIBLE.

Aplicaciones:

• Expresión génica: Método CT comparativo (ΔΔCT) o Método de Curva Estándar Relativa
• Genotipado
• Análisis de la Curva de Fusión (Melt Curve)
• Experimentos de Presencia/Ausencia
• Experimentos de Curva Estándar

QX200 Droplet Reader y Software QuantaSoft

El sistema QX200 Droplet Digital PCR (ddPCR) proporciona una cuantificación absoluta de las moléculas de ADN o ARN para EvaGreen o aplicaciones de PCR digital basadas en sondas. El sistema QX200 consta de dos instrumentos, el generador de gotas QX200 y el lector de gotas QX200, y sus consumibles asociados.Más información

Aplicaciones:

• Medir variaciones del número de copias (CNVs).
• Detección secuencias raras.
• Análisis de expresión génica.
• Cuantificación de librerías NGS.
• Determinación de carga viral.
• Análisis de expresión génica Single-cell.
• Cuantificación absoluta.
• Detección de mutantes raros.
• Análisis de miARNs.
• Detección de GMO (organismos genéticamente modificados).
• Detección de edición del genoma.

7300 Plus Real-Time PCR

El sistema Real-Time PCR 7300Plus es un instrumento de cuatro colores de 96 pocillos que utiliza reactivos de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) basados en fluorescencia.Más información

Aplicaciones:

• Detección cuantitativa en tiempo real de secuencias de ácido nucleico diana.
• Detección cualitativa de dianas mediante análisis post-PCR (punto final).
• Análisis cualitativo del producto PCR (Análisis de la Curva de Fusión, Melt Curve).

Secuenciación masiva de segunda generación (NGS, Next Generation Sequencing)

Ion GeneStudio S5 Plus System. Ion Chef. Ion Reporter (Ion Torrent)

Sistema de secuenciación de última generación basado en semiconductores, optimizado para un flujo de trabajo sencillo en secuenciación dirigida mediante paneles de genes. Con gran flexibilidad y escalabilidad, permite adaptarse a las necesidades de secuenciación tanto en investigación como para aplicaciones clínicas. Los reactivos se basan en cartuchos, usando chips de diferentes capacidades (Ion 510-540), consiguiendo entre 2-80 millones de lecturas por ciclo.

Alta eficacia con muestras difíciles: tejido fijado en formol e incluido en parafina (FFPE), las muestras retrospectivas de aspirados de aguja fina y el ADN libre de células extraído de la sangre (ADNcf). Se puede partir de tan solo de 1ng de ADN o ARN.

Esta plataforma dispone de las herramientas informáticas para el análisis primario y secundario de las secuencias obtenidas (Software Torrent Suite) y conexión con el software Ion Reporter para la anotación e interpretación de variantes.

En la plataforma también disponemos de un servidor local con el Software Ion Reporter en local. El Ion Chef, además de realizar el templado de las librerías y su cargar en el chip, también ofrece la preparación automatizada de las librerías.

Enlaces de interés

Ion GeneStudio™ S5 System - Ion Chef™ Instrument - Torrent Suite Software - Ion Reporter Software - Ion AmpliSeq Designer

NovaSeq 6000

Ofrece una mayor capacidad y velocidad en la obtención de datos, de forma más económica. Con gran productividad, satisface prácticamente cualquier necesidad de estudio, gracias a distintos tipos de celdas de flujo de carga, al sistema dual de flujos de carga y a su gran variedad de combinaciones de longitudes de lectura. Es un sistema escalable y flexible, que puede generar desde 80 Gb de información y 800 millones de lecturas, esto hace que sea posible secuenciar desde un trio de exomas en un día, a 48 genomas en aproximadamente dos días con una cobertura completa.

Para cargar las muestras con rapidez, este equipo ofrece un flujo de trabajo estandarizado, donde las librerías se cargan de forma automatizada en un tubo que se acopla a los cartuchos pre-configurados de reactivos, el cual se carga directamente en el sistema.

Otra de las ventajas que ofrece es su compatibilidad con distintos kits de preparación de librerías, admitiendo una gran variedad de métodos de captura.

Integra sencillas herramientas de almacenamiento y análisis de datos que ayuda en el trabajo de análisis de las secuencias. El análisis y preparación de datos puede optimizarse directamente en BaseSpace Sequence Hub, una plataforma informática de genómica fácil de usar, optimizada para procesar grandes volúmenes de datos. BaseSpace ofrece una gestión de los datos simplificada, análisis y soluciones de almacenamiento. Desde ésta, se puede acceder a la plataforma de tecnología bioinformática DRAGEN™ (Dynamic Read Analysis for Genomics) para realizar análisis secundarios ultrarrápidos de datos de NGS o a distintas aplicaciones de BaseSpace, como la alineación de secuencias, la detección de variantes, la anotación y la visualización. Para facilitar la interpretación de datos, Illumina ofrece herramientas completas e intuitivas para visualizar, clasificar e interpretar variantes asociadas a enfermedades genéticas.

Aplicaciones:

• Secuenciación dirigida mediante paneles de genes.
• Exoma clínicos o exoma completo (individuales o en tríos).
• Genoma completo.
• Transcriptoma.
• Metiloma.

Enlaces de interés

NovaSeq 6000 System - Illumina Control Panel - Sequencing Coverage Calculator - Basespace - DRAGEN secondary analysis

Sistema de análisis de célula única

Chromium X

El sistema Chromium X permite el análisis de células individuales, lo que facilita comprender la diversidad celular, sus mecanismos intracelulares y sus aplicaciones a la salud y la enfermedad. El Chromium X puede analizar desde cientos a cientos de miles de células en una sola carrera, lo que permite convertir estudios de millones de células en rutina.

Su tecnología patentada Next GEM permite generar cientos de miles de particiones conteniendo una sola célula, y cada partición a su vez contiene un código de barras de identificación para el análisis posterior. Combinado con un innovador sistema de administración de reactivos y herramientas de análisis de software, se permite el descubrimiento de información biológica previamente inaccesible.

Además, el Chromium X cuenta con soporte de sistema automatizado totalmente integrado en 10x Genomics Cloud, completo con control de temperatura y acceso mejorado al soporte. Más información.

Aplicaciones:

• Expresión génica en célula única.
• Estudios de accesibilidad de la cromatina.
• Perfil inmunidad en célula única.
• Estudio de biomarcadores.
• Avances en estudio de procesos oncológicos, enfermedades .