Proteómica
Aurkezpena
Proteomika ikerkuntza biomedikorako ezinbesteko tresna bilakatu da. Izan ere, proteomaren, hots, sistema biologiko baten proteina bildumaren, konplexutasuna argitzeko hurbilketa sistematiko bat eskaintzen baitu. Masa-espektrometria bezalako teknikak erabiliz proteomikak proteinen egitura, funtzio eta interakzio dinamikoak aztertzeko aukera ematen die ikertzaileei.
Osasunaren arloan, proteomikak funtsezko papera dauka gaixotasunen oinarria ulertu nahi bada. Izan ere, proteinak identifikatuz eta kuantifikatuz ikertzaileak gai dira egoera patologikoan agertzen diren marka molekularrak bereizteko. Informazio hori biomarkatzaileak aurkitzeko tresna izateaz gain, esku-hartze terapeutiko jakinak eta tresna diagnostiko berriak garatzeko bidea ere ematen du.
Masa-espektrometrian oinarritutako proteomikaren bidez lortutako ezagutzak funtzio zelular normalak ulertzeko ahalmena ematen du, baita gaixotasunei lotutako akatsak aurkitzeko ere. Bada, ezagutza hori estrategia terapeutiko berrien garapenerako, medikuntza pertsonalizaturako eta itu terapeutiko berrien identifikaziorako oinarri da.
Biobizkaia Institutuko Proteomika Plataforma ikerkuntzari babesa ematen dioten zerbitzu eta plataformen barne integratzen da. Proteomika Plataformaren xede nagusia, ikertzaileek aurkeztutako arazo biomedikoak ebazteko proteomikan oinarritutako estrategia esperimentalak garatzea da. Horretarako, plataformak, proteomikako esperimentuen diseinurako eta egikaritzerako aholkularitza ematen du. Zehazki, Proteomika Plataformak esperimentuaren fase guztiak burutzen ditu; laginen prestaketa, masa-espektrometriaren bidezko analisia eta datuen prozesamendua. Horretarako, Plataformak arloan esperientzia handia duten teknikari zein zientzialariak ditu. Azpiegiturari dagokionez, Plataformak konplexutasun altuko laginak sentikortasun handiz analizatzea ahalbidetzen duten azken belaunaldiko bi masa-espektrometro ditu.
Deskribapen orokorra
Proteomika ikerkuntza biomedikorako ezinbesteko tresna bilakatu da. Izan ere, proteomaren, hots, sistema biologiko baten proteina bildumaren, konplexutasuna argitzeko hurbilketa sistematiko bat eskaintzen baitu. Masa-espektrometria bezalako teknikak erabiliz proteomikak proteinen egitura, funtzio eta interakzio dinamikoak aztertzeko aukera ematen die ikertzaileei.
Osasunaren arloan, proteomikak funtsezko papera dauka gaixotasunen oinarria ulertu nahi bada. Izan ere, proteinak identifikatuz eta kuantifikatuz ikertzaileak gai dira egoera patologikoan agertzen diren marka molekularrak bereizteko. Informazio hori biomarkatzaileak aurkitzeko tresna izateaz gain, esku-hartze terapeutiko jakinak eta tresna diagnostiko berriak garatzeko bidea ere ematen du.
Masa-espektrometrian oinarritutako proteomikaren bidez lortutako ezagutzak funtzio zelular normalak ulertzeko ahalmena ematen du, baita gaixotasunei lotutako akatsak aurkitzeko ere. Bada, ezagutza hori estrategia terapeutiko berrien garapenerako, medikuntza pertsonalizaturako eta itu terapeutiko berrien identifikaziorako oinarri da.
Biobizkaia Institutuko Proteomika Plataforma ikerkuntzari babesa ematen dioten zerbitzu eta plataformen barne integratzen da. Proteomika Plataformaren xede nagusia, ikertzaileek aurkeztutako arazo biomedikoak ebazteko proteomikan oinarritutako estrategia esperimentalak garatzea da. Horretarako, plataformak, proteomikako esperimentuen diseinurako eta egikaritzerako aholkularitza ematen du. Zehazki, Proteomika Plataformak esperimentuaren fase guztiak burutzen ditu; laginen prestaketa, masa-espektrometriaren bidezko analisia eta datuen prozesamendua. Horretarako, Plataformak arloan esperientzia handia duten teknikari zein zientzialariak ditu. Azpiegiturari dagokionez, Plataformak konplexutasun altuko laginak sentikortasun handiz analizatzea ahalbidetzen duten azken belaunaldiko bi masa-espektrometro ditu.
Zerbitzuak
Zerbitzuen zorroa
Proteomikako plataformak esperientzia handia dauka lagin biologikoak aztertzeko beharrezko lan-fluxu gehienetan. Plataformako langileekin harremanetan jartzea gomendatzen da, horiek izango baitira esperimentu edo beharrizan bakoitzerako teknika edo estrategia egokienei buruzko aholkularitza emango dutenak. Besteak beste, ondorengo zerbitzu eta teknikak eskaintzen dira:
- Proteinen digestioa soluzioan; FASP, iST, SP3...
- Akrilamida-gel bandetatik eratorritako proteinen identifikazioa.
- Proteinen/proteomen identifikazioa eta kuantifikazioa zelula-lerro laginetan.
- Proteinen/proteomen identifikazioa eta kuantifikazioa izoztutako edo parafinatutako ehun sekzioetan.
- Jariatutako proteinen (secretoma) identifikazioa eta kuantifikazioa.
- Label-free bidezko proteinen/proteomen kuantifikazioa.
- Markaketa isobariko (TMTpro 18plex) bidezko proteinen/proteomen kuantifikazioa.
- Markaketa metaboliko (SILAC) bidezko proteinen/proteomen kuantifikazioa.
- DDA eta DIA estrategien bidezko laginen analisia.
- PRMan oinarritutako ituratutako proteomikaren bidezko laginen analisia.
- Itzulpen osteko aldaketen (PTM) identifikazioa:.
- Fosforilazioa, IMAC/TiO2 erabiliz.
- Ubikuitinazioa, azetilazioa, metilazioa... antigorputz pan-espezifikoak erabiliz.
- Proteinen interakzioen identifikazioa (endogenoak, etiketak erabiliz...).
- Biomarkatzaile identifikazioa jariakin biologikoetan (seruma, gernua...).
- Proteinen identifikazioa zelulaz kanpoko besikuletan (bai zelula-hazkuntzatik zein jariakin biologietatik eratorritako laginetan).
- Analisi estatistikoak (adierazpen diferentzia).
- Analisi funtzionalak (Gene Ontology aberastea, GSEA...).
- Beste datu omikoekin integrazioa (RNAseq, multi-omic).
Aplikazioak
Azpiegiturak
Gaur egun, zerbitzuak azpiegitura hauek ditu:
Bi Exploris 480 masa-espektrometro (Thermo Fisher)
Bi nano-UHPLC Vanquish Neo sistema (Thermo Fisher)
Errendimendu altuko lan-estazioak (Lenovo)
Plataformako kideak
-
Javier Muñóz Peralta
Responsable
javier.munozperalta@bio-bizkaia.eus
Proteómica
846439 | 946006439
Biocruces Bizkaia Eraikin 1 | Gurutzeta, Bizkaia
-
María Sendino Mouliet
maria.sendinomouliet@bio-bizkaia.eus
Proteómica
Edificio Biocruces Bizkaia 1 | Cruces, Bizkaia
Deskargako tarifak (PDF)
